Линяют шакалы два раза в год. У хищников из долины Сыр-дарьи весеннняя линька протекает в начале апреля и завершается через 80—90 дней, в конце июня. Когда зима бывает мягкой и наступает ранняя весна, она может начаться на полмесяца раньше. В верховьях Амударьи шакалы начинают и заканчивают линьку почти на полтора месяца раньше. Примерно в то же время линяют звери Закавказья и Кавказа. Эта разница объясняется более мягким климатом Кавказа, Закавказья и верховьев Амударьи по сравнению с климатом долины Сырдарьи. Смена волос протекает в строго определенном порядке: начинается с головы и идет по направлению к хвосту, который линяет последним.

За лето не все животные успевают вылинять. Некоторые остаются невылинявшими до самой зимы. У таких зверей обнаруживаются, как правило, какие-либо заболевания.